Bon je radote depuis un petit moment, mais franchement, plus ça avance plus je ne vois que ça.
Premièrement, les deux ont en commun une cicatrice sur la joued roite en forme de croix. http://www.metalgearsolid.be/mgs_peace_walker_art_031.html
Cicatrice 
http://metalgear.wikia.com/wiki/File:Chico_artwork_in_bonus_art_packet_001.jpg
Eli
http://images.wikia.com/m/metalgear/images/0/08/Eli.png
On remarquera aussi qu'ils portent une chemise identique.
Deuxièmement, Chico souffre de malnutrition pendant qu'il est enfant soldat. A cause de celà, il fait plus jeune que son age. A partir de là, on peut comprendre que Eli face à la fois vieux et jeune
dans le caractère, il fait vieux (assurance, détermination), alors qu'il a un air enfantin (visage et corps)
Troisièmement, il est présent depuis le début des trailers. Il est faussement étranglé par Snake dans le dernier trailer, et on le voit éventrer l'enfant avec Snake pour récupérer la boite (preuve qu'il a survécu à ce qui s'est passé dans la cage, puisqu'il ne pouvait etre ailleurs de la cage avec Snake, avant d'etre dans la cage avec Snake. Vous suivez ?). Donc il peut tout à fait etre présent plus tard.
Oh, et une couleur de cheveux, ça se change, surtout que Chico est chatain/blond.
Je pense que les choses sont claires maintenant ?