L'histoire de Madara Uchiwa est racontée à Sasuke à deux endroits dans le manga, et par deux personnes différentes : par Itachi lors de leur combat dans les chapitres 385 et 386 du volume 42 (dont le titre est Le secret du Mangekyō Sharingan), puis par lui-même, sous l'apparence de Tobi, à l'issue du même combat, dans les chapitres 396 à 399 du volume 43 (dont le titre est L'homme qui connaît la vérité). Cependant, son nom est évoqué la première fois par Kyûbi, lors de la première confrontation entre Sasuke et Naruto dans la seconde partie.
Il est intéressant de noter que l'histoire diffère quelque peu dans certains détails en fonction du point de vue ; Itachi brossant un portrait noir de Madara, opportuniste et manipulateur, sacrifiant son petit frère dans son propre intérêt, alors que Madara se présente lui-même comme celui qui voulait sauver son clan et préserver les intérêts des Uchiwa à n'importe quel prix, son frère lui ayant « offert » ses yeux pour cela.
Jeunesse et déchéance[modifier]Madara Uchiwa et son frère étaient tout deux comparables en tout point, les deux frères étaient tout le temps en compétition, chacun des deux voulant être le plus fort. Ils ont ensuite maîtrisé le Sharingan, et furent alors reconnus comme membres spéciaux du clan Uchiwa. Ils continuèrent toujours à s'entraîner, sans rien d'autre en tête que la puissance. Ils ne tardèrent pas à posséder le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan ». Grâce à leurs yeux, ils prirent le contrôle du clan. Madara, l'aîné, en devint le chef, respecté de tous.
Cependant, Madara commença à ressentir d'étranges changements. Ces yeux s'enfoncèrent dans l'obscurité, à cause d'une trop grande utilisation du Mangekyô Sharingan. Il fit alors tout ce qui était en son pouvoir pour retrouver la vue, mais en vain. Il fut désespéré et sombra dans l'obscurité. Puis, il trouva une autre source de lumière. Selon lui, son petit frère lui offrit ses yeux et Madara obtint un « Kaléidoscope hypnotique éternel du Sharingan », ce dōjutsu ne pouvant pas s'éteindre possédait une source de lumière inépuisable. Cependant, d'après Itachi, il a pris de force les yeux de son frère.
Plus tard, il se joint à contre cœur à ses rivaux, le clan Senju de la forêt, avec lesquels il fonde le village de Konoha. La première source de discorde, un conflit pour la place de chef du village (Hokage) tourne à la faveur de Hashirama Senju qui devient 1er Hokage. D’autres différends suivent à propos de la politique de leur nouveau village, car l'Hokage tente de restreindre la puissance des Uchiwa. Madara étant le seul conscient de cela veut lancer un coup d'état, mais personne dans son clan ne le suit. Il quitte alors le village de Konoha et, assoiffé de vengeance, défie le chef du clan Senju dans la Vallée de la Fin (lieu même où se passera plus tard le combat entre Naruto et Sasuke).
Ayant perdu son combat face au chef du clan Senju pour avoir le contrôle du village, il poursuit alors cette tâche en formant une nouvelle organisation, Akatsuki. Pourtant, il ne s'affiche pas en tant que chef de cette organisation, laissant ce rôle à son subordonné, Pain, et lui donnant ses ordres dans l'ombre (il lui demande notamment de prendre en chasse le receptacle de Kyûbi).
Lors de son combat contre Sasuke, Itachi révèle que Madara serait également responsable de l'attaque de Kyûbi sur Konoha il y a 16 ans. Dans le chapitre 440, le 4e Hokage confirme ce fait à Naruto, lui précisant que c'est pour cette raison qu'il aurait scellé le Kyûbi en lui ; d'après lui, Madara possède un pouvoir immense et a été capable de prévoir chacun de ses mouvements.
D'après Itachi, Madara l'a également aidé à décimer le clan Uchiwa.
Après le combat entre Sasuke et Itachi, Madara reprend le contrôle de l'organisation Akatsuki. Suite à la mort d'un nombre important des membres (Sasori, Kakuzu,Hidan, Deidara et Itachi), il intègre l'équipe Taka à Akatsuki. Il ordonne ainsi à Sasuke et à son équipe de ramener Hachibi. Cependant, ce dernier va échouer et ce rôle sera attribué à Kisame Hoshigaki. Après la mort de Pain, Madara va chercher à faire le lien avec la statue de scellement des bijū, le Gedo Mazō.
Le but ultime de Madara est de rassembler les neuf bijū pour recréer un monstre ancestral appelé Jûbi. En devenant l'hôte (jinchūriki) de ce monstre, Madara pourrait projeter son œil sur la Lune pour créer une illusion (genjutsu) d'une puissance phénoménale appelée « Arcanes lunaires infinies » (Mugen Tsukuyomi) permettant de tenir tous les êtres humains sous sa tutelle, et de contrôler ainsi un monde d'illusions sans guerre ni haine[7].
Il se dévoile lors de la « réunion des cinq kage » dans le Pays du Fer ; devant les kage, après avoir récupéré Sasuke qu'il avait envoyé les combattre dans l'espoir de les prendre en otage, il se présente comme étant Madara Uchiwa, et leur expose ce plan, déclarant la guerre aux cinq grands pays ninja et au pays du Fer. Peu avant, il rencontre Naruto accompagné de Kakashi et Yamato et lui explique pourquoi Sasuke cherche à se venger, et pourquoi le destin l'obligera à combattre un jour Sasuke.
Ayant récupéré le Rinnegan de Nagato, Madara décide d’aller capturer Naruto pour obtenir Kyûbi
Madara Uchiwa est l'un des principaux antagonistes du manga Naruto. Il apparaît dans le manga sous l'identité de Tobi un membre d'Akatsuki portant constamment un masque orange au motif spiralé percé d'un trou à l'œil droit.
voila voila 
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