J´ai les deux mais j´ai pas encore beaucoup joué VP II... je vais donc me cantonner à Suikoden V pour le moment :
Points positifs
Très bonne durée de vie
Très bon scénario, bien construit
108 personnages jouables (108 étoiles du destin)
Musiques géniales 
Possibilité d´obtenir un QG personnalisable
De nombreux secrets, quêtes annexes, en rapport avec les 108 personnages forcément
Combats dynamiques avec plusieurs options possibles
Système de Runes à "greffer" sur les persos pour les pouvoirs magiques
Combats type STR (grandes batailles) et duels dans le scénario
Villes grandioses et agréables à visiter
Points négatifs
Graphismes mauvais
Problèmes de traduction
Chargements assez longs et fréquents
Une seule arme par perso
Pas assez de Runes
Déplacements sur la carte en "petit"
Les grandes batailles sont un peu "simplistes" et ne demandent pas de grande stratégie
Voila tout ce que j´ai pu dénoter. Je te conseille franchement Suikoden V qui est un jeu à la fois abordable, facile à prendre en main, long, complet, varié, avec un bon scénario mais malheureusement mal traduit et comportant des temps de chargement assez longs entre chaque combat.
Valkyrie Profile II, j´ai juste joué 5 minutes pour voir à quoi ça ressemble et c´est plutôt pas mal. Le seul problème que j´ai dénoté après ce court laps de temps passé en sa compagnie, c´est que dans les villes il est impossible de se ballader où l´ont veut. Enfin disons plutôt que les déplacements se font en "2D" et non pas en 3D... je sais pas si c´est clair. ^^