Hideo Kojima a révélé au cours de la présentation TGS de Metal Gear Solid 2 Substance que la suite de Metal Gear Solid 2 : Sons of Liberty était déjà en développement. A la question "Pensez-vous donner une suite à Metal Gear Solid 2 ? ", Hideo Kojima a répondu après un silence amusé : "Eh bien, je pense que nous allons faire une suite. A vrai dire, nous travaillons déjà dessus". Evidemment, il faudra se contenter de cette menue info pour le moment, et on ignore toujours si Kojima participera à ce Metal Gear Solid 3 ou bien s´il supervisera cet épisode comme il en avait exprimé le souhait. La ou les machines sur lesquelles le jeu est prévu n´ont évidemment pas été évoquées. Quant à Metal Gear Solid 2 Substance, on a appris que plus de 500 missions VR seraient au programme, et qu´elles ne mettraient pas seulement Snake et Raiden en valeur, mais également d´autres personnages. Le jeu introduira un mode "Variety" qui tâchera d´apporter une note d´humour en décalage avec le ton sérieux du jeu. Les premières missions montraient comment Snake, muni d´un fusil de snipe, cherchait à éviter que des soldats ennemis se jettent sur son bol de ramen (les nouilles japonaises). Le jeu reprendra le mode Boss Survival du précédent volet, et introduira aussi le mode Zako Survival où les gardes seront tous gigantesques.