Voici l´histoire en gros de MGS(sur psx)
La période de paix annoncée dans Metal Gear 2 n´a pas lieu, si bien qu´en l´an 2002, le réarmement atomique est en pleine effervescence. Un camp militaire des États-Unis établi sur l´île de Shadow Moses en Alaska est assiégé par une faction terroriste au moment même où sont réalisés des tests sur une arme secrète. Il semble intéressant de remarquer que la faction en question est dirigée de renégats du groupe FOXHOUND, l´ancienne unité de Solid Snake.
Des hauts fonctionnaires et des représentants d´entreprises, présents pour assister à ces tests, sont pris en otage. Les revendications des terroristes sont simples, et reflètent néanmois un certain mystère : si la dépouille de Big Boss ne leur est pas remise dans les prochaines 24 heures, une ogive nucléaire sera mise à feu. Une fois de plus, l´ancien dirigeant du groupe FOXHOUND, Roy Campbell, sollicite Solid Snake en lui commandant d´infiltrer le repère, de libérer les otages et d´anéantir la force de frappe atomique des terroristes.
Snake est consterné lorsqu´il découvre que le dirigeant de l´attaque n´est autre que Liquid Snake, un agent qui porte le même nom de code " Snake " et présente presque les mêmes caractéristiques physiques que lui. Liquid est entouré d´un groupe des meilleurs agents de FOXHOUND, parmi lesquels figurent l´expert en révolvers et en torture Revolver Ocelot ainsi que la boule de nerfs et de muscles appelée Psycho Mantis. Vulcan Raven, Sniper Wolf et Decoy Octopus complètent la troupe. En outre, Liquid Snake dirige une légion de soldats du génôme, des soldats dont les gênes ont été modifiés pour améliorer leurs capacités physiques. À la lumière de leur aptitude à manipuler les gênes, les exigences des terroristes quant à la dépouille de Big Boss, le " soldat légendaire " s´éclaircissent.
Snake franchit avec succès les dispositifs de sécurité du repère et localise les otages. Il apprend que les tests réalisés sur l´île s´appliquent à un nouveau modèle de Metal Gear, nommé Metal Gear Rex. À présent, la mission de Snake est de repérer ce nouvel appareil et de le détruire. Sur son chemin, il rencontre une série de personnages très intéressants, dont Meryl Silverburgh, la nièce de Roy Campbell et un soldat très peu expérimenté, ainsi que Hal Emmerich, alias " Otacon ", chef des scientifiques affiliés au projet Metal-Gear-Rex. Un mystérieux Ninja cybernétique épie également Snake et les terroristes, plus tard celui-ci se présentera sous le nom de Grey Fox, que l´on croyait mort jusqu´à cet instant.
Snake remporte la victoire sur tous les anciens agents du groupe Foxhound à l´exception de Revolver Ocelot, qui prend la fuite après avoir perdu une main au cours du combat contre le Ninja. Par la suite, Snake parvient à détruire Rex, mais Liquid Snake lui tient tête et lui dévoile un terrible secret sur les origines communes. Ils sont tous deux des produits génétiques issus du projet " Les Enfants Terribles ", ils ont tous deux été conçus par des scientifiques à partir de matériel génétique de Big Boss, le légendaire soldat. Malgré sa quête morale contraire à ses actes, Solid Snake ne vit que pour le combat. Après le décès apparent de Liquid, Snake et Meryl s´échappent de justesse et disparaissent sous le coucher du soleil.
Après l´accalmie, le joueur est encore gratifié d´un bref communiqué de Revolver Ocelot, qui s´adresse justement au Président des États-Unis. C´est alors qu´il apparaît évident que, pendant tout ce temps, Ocelot a joué le rôle d´un agent double. Mais pis encore, le président Solidus est lui aussi un produit issu du projet " Les Enfants Terribles. " Nul ne sait ce que cette nouvelle réserve au futur de Solid Snake, nous l´apprendrons très prochainement mais une chose est sûre, les deux personnages seront indubitablement amenés à se revoir...
