Mais avant d’entrer dans le vif, du sujet, concentrons-nous quelque peu sur le scénario du jeu. Reprenant bien évidement celui du deuxième film de Coppola, l’histoire se déroule à la veille de la révolution cubaine et jusque dans les années 60. La grande réunion des mafieux à La Havane prend un tournant sanglant : le Don de la Famille est assassiné et Dominic doit reprendre les rennes. Il lui faut rassembler l’organisation et rétablir la suprématie des Corleone dans le Queens. Les succès apportent diverses opportunités et très vite Hyman Roth invite le nouveau Don à étendre son influence et lui propose de commencer en Floride.