Allez, au boulot ! 
"Je suis à l'entrée de la tour de cristal et à l'intérieur je suis entré dans un endroit appelé "Eurékâ".Qu'est ce que c'est que cet endroit?Et est ce que je peut aller au bout d'Eurékâ et revenir ensuite à l'entrée de la tour?Car j'aimerais visiter la tour de cristal à fond avant de finir le jeu."
Eureka est un donjon totalement optionnel, mais dont la visite est chaudement recommandée rien que pour les armes et sorts que tu pourras y trouver/acheter (dont les sorts de nv 8 de chaque école, toutes les invocations et les Shurikens utiles au Ninja, entre autres). Une fois arrivé au bout, il faudra de toute façon faire machine arrière et revenir à l'entrée de la tour de Syrcus (de cristal, si tu préfères), la fin du jeu prenant place en son sommet.
"Quelles sont les quêtes annexes du jeu?Et comment les remplir?"
Je te renvoie à la première page de cette FAQ, section "Quêtes annexes", Eclep a tout détaillé.
"Où se trouve le géant de fer?"
Même remarque que précédemment.
"J'ai lu que pour avoir un perso avec 9999Hp il faut qu'il gagne des niveaux en étant en karatéka,mais à quel niveau faut-il commencer le lvl up pour être sûr d"atteindre 9999Hp?"
Je n'ai plus le chiffre en tête, mais en général, plus tôt tu le feras, mieux ce sera. Sachant que dans une partie "normale", tu obtiens le job Karatéka dans les nv 35-45 (fonction de ton acharnement ou pas au niveau du level-up), c'est plus que faisable dans cette fourchette, et a fortiori si tu as pensé à faire du level-up avec, mettons, un Chevalier ou un Moine (2 jobs avec une assez bonne Vitalité) avant que tu obtiennes le Karatéka.
"J'ai divisé tout au long du jeu mon équipe en deux groupe: 2 mages(Refia et Arc) et 2 attaquants(Luneth et Ingus).Je changeai leurs jobs au fur et à mesure que j'en débloquais,mais mes 2 persos qui sont mages ont toujours eu des jobs où ils utilisaient de la magie et mes 2 attaquants ont toujours eu des jobs où il devaient juste cogner(ils n'ont pas de Mp donc).Si je fais du lvl up en mettant tous mes persos en karatéka pour atteindre 9999 Hp,une fois que ce sera fait et que mes persos auront tous pris pas mal de niveaux,lorsque je réassignerai mes 2 persos qui à la base utilisent de la magie à leur job initial,est ce qu'ils auront quand même augmentés leur nombre de Mp de la même façon que si ils avaient pris tous ces niveaux en étant dans leur job qui utilise de la magie?C'est peut-être pas trés clair,mais en fait je veux savoir si des persos,qui à la base ont utilisés de la magie tout au long du jeu,auront leurs Mp qui auront augmentés si ils reprennent leur job de mage aprés avoir pris beaucoup de niveaux dans un job qui n'utilisent pas de magie."
Je vais être très clair là-dessus : pour chaque job et pour un niveau (personnel, pas le nv job) donné, les stats sont fixes, que ce soient les stats telles que la Force, l'Esprit, la Rapidité, etc... ou les MP, et ce quels que soient les précédents jobs de tes persos. En clair, un frappeur passant mago aura exactement les mêmes MP et stats qu'un perso n'ayant utilisé que des jobs magiques.
"Et une dernière question:je ne sais pas quelle équipe choisir pour la fin du jeu.Je pensais faire une équipe ninja/sage/invokeur/chevalier dragon, mais je trouve quand même dommage de devoir faire des choix entre mes magies blanches et noires pour mon sage,et je me demande si les invokations valent vraiment le coup de me priver d'un dévôt et de mettre mon sage en magicien.Est ce que je devrais plutôt faire une équipe ninja/magicien/dévôt/chevalier dragon? Vous en pensez quoi?"
Les 3 seules choses et demie que je reproche au Sage, ce sont :
- ses MP moins élevés pour les sorts de haut niveau par rapport aux magos "spécialisés",
- ses stats magiques un poil moins élevées que ces derniers,
- l'impossibilité d'utiliser les Hautes Invocations, spécialité de l'Invokeur.
- et la demi-chose, qui est à la fois un avantage et un inconvénient, sa versatilité. Pourquoi un inconvénient ? Eh bien à cause des 3 sorts maxi par niveau, Bahamut, Météore, Torche et Vie Max pouvant servir un jour ou l'autre (quoique, Météore, bof...), il est impossible d'assigner les 4 au Sage seul.
C'est pourquoi en général je préfère utiliser les magos spécialisés, même si c'est au prix d'un combattant.
Sinon, pour la fin du jeu, le Sage convient parfaitement, tu PEUX lui adjoindre un mago de support si besoin, soit pour assurer les soins (auquel cas, le Dévôt est là), soit pour ajouter une puissance de feu supplémentaire (Magicien/Invokeur).
Toujours en ce qui concerne la fin du jeu, j'aime bien ce genre de configuration :
Ninja
Dévôt/Sage
Magicien/Invokeur/Sage
Chevalier, C.Dragon, (C.Noir), (Karatéka)
=> les deux derniers sont entre parenthèses, car je trouve le C.Noir un peu situationnel, efficace contre les groupes d'ennemis et ceux qui se divisent, et le Karatéka un peu fragile malgré ses hauts HP théoriques, faute d'équipement vraiment efficace. Mais ils peuvent tout à fait fonctionner.
Voilà, désolé du pavé. 