Bah désolé mais ne pas avoir saisit le scénario si c'est idiot surtout si tu as fait Portal 1 
Mais bon je vais te répondre. Avant tout :
SPOIL : ATTENTION SPOIL ! 
1) Pourquoi on se réveille dans une chambre alors qu'à la fin du 1 on est dehors ?
Je présume que tu ne connais pas Doug Rattman. Ce scientifique est l'unique survivant de GLaDOS et c'est lui qui t'as placé en tête de la liste des participants aux circuits de test en sachant que tu pouvais survivre et remonter jusqu'à GLaDOS grâce à ta tenacité.
Dans le jeu, ses traces sont des fresques, des dessins, des graffitis sur les murs, visibles dans Portal et Portal 2. Skyzophréne, il passe en effet son temps à se cacher dans le centre loin de GLaDOS, et dessine. Sa seule compagnie est un compagnon cube.
Tu trouveras son histoire compléte ici :
http://www.thinkwithportals.com/comic/?l=fr
2) Le scénario lui même
Donc, comme tu le vois sur la BD, Rattman a réactivé le support vital de ta chambre de cryogénie. En effet aprés la mort de GLaDOS le centre tout entier est " mort " en quelque sorte vu qu'elle en avait la responsabilité à pratiquement 80 %. Ainsi, la majorité des autres sujets en cryogénie sont morts.
Toi non grâce à Rattman. Tu resteras en cryogénie pendant environs deux siècles. Pendant ton sommeil, Wheatley, un processeur ( programmé à l'époque pour rendre GLaDOS stupide, et ainsi la rendre plus docile vu qu'elle tentait de tuer tout le monde dés qu'on l'allumait, ensuite retiré de GLaDOS et placé en charge des sujets de test en cryogénie...) souhaite s'enfuir du centre abandonné et réveille plusieurs sujet de test pour l'aider dans son envie de fuite.
Néanmoins, tous les sujets meurent avant ou peu après avoir récupéré le générateur de portails, essentiel pour votre fuite. Tous sauf toi. Il te réveille, t’amène dans un des circuits de test délabré au fil du temps ( qui se trouve être celui qu'on passe dans Portal 1 d'ailleurs 
) afin de trouver un générateur de portails.
Générateur que tu trouve. Par la suite, toi et Weathley allaient remonter jusqu'à la chambre de GLaDOS afin de remonter à la surface via l'ascenseur de sa salle. Malheureusement, alors que Wheatley cherche à réactiver cet ascenseur ( module d’évacuation ) il va par erreur réactiver tous les systèmes du centre, et réveiller GLaDOS.
Cette dernière va immédiatement te reconnaître, toi qui l'a tué dans Portal 1 et va t'envoyer dans l'incinérateur du centre après s'être débarrassé de Wheatley. Elle t'envois là dedans afin de retrouver le double générateur de portails avec lequel tu l'as tué dans Portal 1 et pouvoir te faire passer des tests jusqu'à la fin de ta vie, afin de se venger. Pendant ce temps, elle reconstruit le centre peu à peu et se " soigne " elle même.
Alors que tu avance dans les tests, Wheatley, dans un état assez lamentable mais encore vivant, te retrouve et t'assure qu'il a un plan, que tu dois juste continuer les tests pour le moment sans t’inquiéter. En effet, à un moment donné, il va te faire sortir d'une de salles au nez et à la barbe de GLaDOS qui ne s'y attendait absolument pas.
Va s'en suivre une longue fuite au travers le centre au cours de laquelle tu vas priver GLaDOS de ses deux plus grandes armes : Les tourelles et la neurotoxine avec laquelle elle a tué l'ensemble des employés du centre des siècles plus tôt. Cela fait, vous allez à nouveau revenir dans sa chambre afin de l'affronter et pouvoir fuir.
S'en suivre une procédure de transfert de noyaux, Wheatley étant considéré comme un processeur " clean " et GLaDOS comme " abîmé " ( corrompue, surement après les dégâts causés dans Portal 1 ). Wheatley prend donc les commandes du superordinateur du centre à la place de GLaDOS. Néanmoins, il semble que ce nouveau statut soit bien trop puissant et impressionnant pour lui, qui sombre dans une immense crise de mégalomanie. GLaDOS va le pousser à bout en assurant qu'il n'est qu'un pauvre abruti inutile conçut il y a des années pour la rendre idiote, ce qui va pousser Wheatley a la transférer dans une batterie patate puis de l'envoyer avec toi dans les profondeurs abandonnées du centre.
Au cours de la chute, tu perdras GLaDOS met la retrouveras plus tard dans ton errance dans les ruines du vieille Aperture Science dans lequel tu es tombé. En effet, Wheatley t'as envoyé dans la partie la plus ancienne d'Aperture Science, à l'époque ou la société était encore dirigée par son fondateur, Cave Jonhson et Caroline, son assistante.
Accompagné de GLaDOS, tu vas traverser cette partie du centre et remonter peu à peu jusqu'à la section la plus moderne, ou sévit Wheatley ( cet idiot a oublié de maintenir les maintenances basiques du centre qui empêchent celui ci d'exploser...). Se faisant, tu vas remonter l'histoire du centre, de ses débuts florissants jusqu'à ses graves problèmes financiers, en passant par la fin de la vie de Cave Jonhson entraînant la mise au point du projet GLaDOS. C'est là que tu découvriras en même temps que GLaDOS que celle ci se trouve être Caroline, l'assistante de Cave Jonhson, transféré de force à sa place sous ses ordres, avant de mourir.
Tu vas continuer ta remonter dans le vieux centre et ses vieux tests jusqu'à atteindre la section moderne. Wheatley etant sous les contraintes du superordinateur du centre, qui l'oblige à vouloir tester tester tester et encore tester, il décide de se servir de toi comme sujet de tests dans ses propre salles...( en fait des mélanges mal foutues de salles de GLaDOS ).
Ce petit cauchemars va gentiment continuer jusqu'à ce que Wheatley trouve Atlas et P-Body, les deux robots du coop. Il juge que ces robots seront amplement suffisant pour les tests et n'a plus besoins de toi. Il tente de te tuer.
Tu parviens à t'enfuir une nouvelle fois au travers le centre et avec l'aide de GLaDOS, tu vas remonter jusqu'à lui.
GLaDOS te promet de te rendre ta liberté si tu parviens à lui redonner les commandes du centre. Une fois face à Wheatley, tu vas devoir le " corrompre " en lui branchant divers processeurs défectueux ou abîmés afin de provoquer un nouveau transfert des noyaux et remettre GLaDOS à sa place.
Néanmoins, il se trouve que Wheatley avait piégé le bouton démarrant la procédure. Tu te retrouve presque assommé après t'être prit des bombes dans la gueule et dans une tentative désespérée, tu tire sur la lune afin de débrancher Wheatley de façon plus " brutale ". C'est hard, tu passe pas loin d'être aspiré dans l'espace, mais ça marche.
GLaDOS reprend les commandes et te sauve la vie. Au final, elle supprime Caroline, sa partie humaine, et tient sa promesse en te rendant ta liberté. Tu quitte le centre sous l'adieu des tourelles, et avec ton companion cube incinéré de Portal 1.
Fin.
