http://fr.wikipedia.org/w/wiki/Chronologie_de_Half-Life
GlaDOS a tué tout le monde à peu près à la même époque où le Borealis a disparu, et Aperture Science s'était lancé dans une course aux contrats avec l'armée et/ou le gouvernement américain, course qui leur fit prendre (à Black Mesa Research Facility et à Aperture Science) d'énormes risques (Incident de Black Mesa, disparition du Borealis, création de GLaDOS) donc tout le complexe était plus ou moins coupé du reste du monde pour garder jalousement les secrets. Il se peux même que personne à Black Mesa n'ai jamais entendu parler de GlaDOS.
La mort des employés se déroule peu de temps avant l'incident de Black Mesa, vers la fin des années 90', début 2000. Le centre de recherche étant enterré on peut penser que de rares personnes aient tenté d'explorer les environs, on ignore leur sort. Plus tard, ça se corse.
Vers 2004-2005, la tempête de portails amène la faune et flore de Xen sur Terre, toute la population se retranche dans les grandes villes. Les Vorts tissent de liens avec les humains, via Éli Vance. Désormais, plus personne ne tentera de connaître le sort d'Aperture Science.
Les évènements de Portal se déroulent peu de temps après la Guerre des Sept Heures. 10 ans plus tard, Freeman à la rescousse ! et la Citadelle de Coté 17 s’effondre. Après, pour le siècle qui suit, on ne peux que supposer... et attendre Half-Life 2 : Episode 3 et Portal 2.