Le pitch de départ du jeu, attention spoiler:
Une fois GLaDOS détruite, Chell est placée dans un état de stase. Cent ans plus tard, elle est tirée de son sommeil par une sphère de personnalité semblable à celle dont GLaDOS était constituée. Wheatley, c'est le nom de la sphère, propose de guider Chell vers la sortie : il s'inquiète de l'état de délabrement du complexe et, privé de membre, il a besoin de Chell pour le porter. Malheureusement, suite à une erreur de manipulation GLaDOS revient à la vie et Chell reprend sa place de cobaye.