Je vais répondre comme je peux
"Quel est le liens entre Sally et Elizabeth, mise à part qu'elle l'utilise pour piéger comstock Booker. Par ailleurs pourquoi Booker est il comstock dans le premier DLC, ils étaient censé êtres tous mort. "
Eliz et Sally n'ont pas de liens particulier , elle se sert de la petite pour piéger Comstock mais elle a des remords et se met en tête de la retrouver .
"Pourquoi Elizabeth lui lance "Vous serez bientôt désolé" sur un ton assez mauvais juste avant qu'il ne se fasse tuer par le protecteur, ensuite dans le DLC 2 cette Elizabeth se fait tuer par ce même protecteur, or si on juge son visage de la scène d'avant elle ne semble ni surprise ni en panique mais plutôt satisfait que booker meurt. Enfin le Flash Back de la faille temporel de l'enlèvement, on voit booker, comstock, les lutèces et Elizabeth avec les lutèces et Comstock. Je n'ai pas compris. "
En gros , le protecteur a attaqué Eliz juste après la mort de Booker . Elle ne s'y attend naturellement pas .
Pour le flash-back , eliz a essayé de convaincre Comstock de ne pas enlever Anna mais ce dernier lui a coupé la tête en refermant la faille . Ensuite on comprend que ça l'a traumatisé et il a demandé aux Lutéce de l'envoyer dans un autre monde (Rapture) pour oublier .
" Quel est le but d'Atlas? A part tuer Ryan et devenir un super mutant? N'aurait il pas été plus simple de s'échapper de Rapture?
Pourquoi Elizabeth refuse de rejoindre Ryan, alors qu'elle sait très bien qu'Atlas ne la laissera pas vivante, entre la peste et le choléra on choisi le moins pire non? "
Atlas veut s'emparer de Rapture et en devenir le maître , go jouer a Bioshock 1 pour comprendre 
Pour la 2éme question , je sais pas...
" Qui est le booker de l'esprit d'Elizabeth? Pourquoi la guide t'il? "
C'est sa conscience , une voix dans sa tête , rien de plus . Il lui donne des conseils qu'elle se donne a elle meme .
" Comment interprété la fin du DLC 2? "
Encore une fois , go jouer a B1 , la fin du DLC est directement lié avec le début du 1er Bioshock , l'avion s’écrase dans l'eau et Jack arrive dans la ville . Mais tout ça est grâce a Elizabeth... pour libérer les Petites Soeurs , elle en a rien a battre que les chrosomes pourrait menacer le monde si ils s'échappaient 