je me permet de donner la solution au problème ayant moi même eu ce bug
1. Désactiver la sauvegarde Steam Cloud dans les propriétés du jeu avec le client Steam
2. Supprimer le fichier profile.bin dans le dossier : C:\Program Files\Steam\userdata\L'ID DE VOTRE COMPTE STEAM\8870\remote
3. Supprimer le dossier Bioshock Infinite dans :
C:\Users\Votre nom de session\Documents\My Games
4. Lancer le jeu et vous pouvez normalement modifier vos contrôles
5(optionnel). Réactiver la sauvegarde Steam Cloud il vous sera normalement demander si vous voulez télécharger votre ancienne sauvegarde ou uploader votre nouvelle il faut bien sur l'envoyer.
Enjoy !!!