Salut !
D'après sur le forum PS3THC, on recommence à zéro.
"Le niveau 50 atteint l'option évoqué en début sera disponible, l'option choisie et appliquée fera que le trophée se débloquera. En contre-partie, vous retomberez au niveau 1, avec seulement les armes disponibles au début, idem pour les plasmides, aucun fortifiant et les défis remis à zéro."
http://www.ps3thc.fr/bioshock2/trophee-guide-dlc-t12210.html