Salut, je vais tenter de répondre aux questions.
1-
En fait Eliza est un programme informatique ( une IA plus précisément ), c'est lui ( le programme ) qui aux mercenaires de surveiller Sarif Industries.
2-
Eliza obéit à sa programmation, son programme a été conçu afin de conditionner les gens pour garder un minimum de contrôle sur eux, les Illuminati ( ceux qui l'ont créée ) ont peur des augmentations alors ils cherchent à manipuler l'opinion par tous les moyens, ils ne veulent pas que les augmentations se démocratisent ( en fait ils veulent avoir un contrôle total sur cette technologie ).
3-
J'aurais tendance à dire "le sien" ( c'est similaire au cas de Daedalus dans Deus Ex 1 )
4-
Pour ralentir/arrêter Jensen, si on débranche Eliza ( qui sait tout sur l'attaque ) c'est fini, Jensen ne peut plus avancer dans son enquête et les Illuminati peuvent poursuivre leur plan.