Deus Ex ne propose pas trois chemins pour atteindre l'objectif. La seule limite de gameplay est l'imagination du joueur. Après, les choix de ce derniers pourront se ranger dans 3 catégories : l'infiltration, le hack, la socialisation, le bourrinage.
Chaque partie sera différente en fonction de la personnalité du joueur. Chacun pourra choisir des augmentations différentes (au vu du large éventail disponible, [encore plus grand que dans DX 1] il n'y a pas de risques de ce côté) et parvenir au bout de la mission différemment (la progression étant largement influencé par les augmentations choisies).
Mais en aucun cas ce jeu ne sera linéaire, ou ne proposera que trois manière de progresser 