Dans son récit, Jiraya ne dit pas que Nagato est l'enfant de la prophétie. Il dit qu'un ninja au chakra spécial viendra au monde et restaurera la paix dans le monde shinobi.
De plus, Jiraya croit en Naruto et sait qu'il est l'enfant de la prophétie. D'ailleurs, dans les nombreux livres qu'il a écrit, le personnage principale se nomme Naruto.
Comme l'a dit Fubu, il est un peu plus normal que Naruto le soit, vu le nom du shonen il n'y a plus trop de questions à se poser là-dessus, c'est évident, non?
P.S: Pain est le pseudonyme de Nagato. Étant donné que nous connaissons son identité, mieux vaut l'appeler par son nom.