J'ai eu le même problème : jeu acheté sur Steam version GOTY et les paramètres et sauvegardes de jeu ne restaient pas après avoir quitté le jeu.
Problème que j'avais eu avec d'autres jeux à base de moteur Unreal. Une embrouille entre les fichiers de sauvegarde Unreal et Steam.
La solution : ajouter dans les options de lancement la commande : -nohomedir
Clic sur le nom du jeu dans la bibliothèque Steam > propriétés > Définir les options de lancement > -nohomedir