Bien sur que si, les seuls points communs c'est :
-Les deux héros ont des pouvoirs
-Liberté d'action dans la ville
En dehors de ca, ils n'ont rien en commun. Déjà, du point de vue du gameplay, c'est vraiment pas la même chose. Infamous est un shoot à la 3ème personne (TPS, genre Gears Of War) avec un viseur, et on vise les ennemis, alors que Prototype est clairement un Beat'Em All, où on fracasse ses ennemis au corps à corps (majoritairement).
Ensuite, déjà rien que la ville est bien différente. Empire City est divisé en 3 parties tandis que New York c'est une seule ile gigantesque. De plus, l'architecture est assez différente, dans inFamous c'est plus coloré, avec pleins de néons qui brillent, des lumières etc ... avec des batiments pas trop haut pour pouvoir les escalader rapidement, alors que Prototype c'est bien plus sombre et les batiments sont vraiments hauts afin de donner beaucoup d'ombre sur le terrain.
Et puis après, faut avouer que dans inFamous y a pas une goutte de sang alors que Prototype regorge de gore et d'hémoglobine ...