Le ninja c´est Frank Jaeger alias Gray Fox qui était le meilleur lieutenat de Big Boss ( le père des 2 Snake) ami de Solid Snake et assasin des parents de Naomi qui est devenue son frère et Solid Snake et Gray Fox se sont battus dans un champs de mines à Zanzibar et c´est Snake qui à gagné . Donc normalement Gray Fox était mort mais la thérapie génétique du docteur Clark lui à redonné vie avec l´exosquelette . Gray Fox est devenu le Ninja et il à tué le docteur Clark . Maintenant le Ninja n´a plus qu´ un seul but : faire un combat à mort avec Solid Snake .
