Salut TheVanillaCorp !
J'ai la réponse à ta question, car j'ai eu exactement le même problème après avoir téléchargé le pack des mises à jour transferts/niveaux du mercato d'hiver. Tout était sauvegardé dans l'emplacement par défaut "équipes 1" et du coup à chaque fois que je sortais d'un mode compétition ou carrières, les effectifs par défaut étaient chargés et écrasaient ceux que j'avais modifié.
Donc ma méthode, qui n'est peut-être pas la seule ni la plus simple, et que j'ai re-téléchargé les transferts et les ai sauvegardé dans un fichier "équipes 2". De là, j'ai re-créé mon perso (bien galère !), j'ai à nouveau tout sauvegardé sur "équipes 2" et depuis tout marche parfaitement, je me retrouve avec mes modifs et mon perso créé aussi bien dans les compétitions et carrière que dans les matchs rapides.
Voilà !