Je donne la réponse moi même, que j'ai finie par trouver sur le forum officiel américain, ça pourra peut-être servir à d'autres !
Alors, à l'installation, le jeu crée un dossier Starcraft II dans Mes Documents. Dans ce dossier se trouve un fichier bloc-notes nommé Variables.
Vous l'ouvrez et vous tombez sur une suite de lignes de codes.
Dans cette suite, deux lignes vous intéressent:
height (la hauteur):changez le chiffre en y mettant la hauteur de la résolution de votre écran (800 dans mon cas)
et
width (la largeur): changez le chiffre en y mettant la largeur de la résolution de votre écran (1280 dans mon cas).
Vous n'oubliez pas d'enregistrer vos modifs, vous fermez, et le jeu se lance dans la résolution indiquée.
Voilà