Parlez à Selphie une fois qu´elle a escaladé l´épave de camion. Les premiers missiles sont lancés pendant votre conversation. Selphie vous assure qu´ils sont dirigés vers la Fac de Trabia et insiste pour que vous tentiez d´empêcher tout nouveau lancement. Prenez deux compagnons avec vous et retournez à la Fac de Balamb (avec Squall). Les deux autres personnages se joignent à Selphie. Le groupe de Squall s´éloigne alors.
L´équipe de Squall arrive à une gare située au milieu de nulle part. Tous les membres sont d´accord pour prendre le train d´assaut. Empruntez l´allée de gauche (à gauche de l´écran) : vous vous arrêtez à proximité d´un train. Un soldat en descend alors que vous montez à bord, mais rien ne peut vous arrêter.
Tandis que l´équipe de Squall se dirige vers la Fac de Balamb, l´autre groupe s´approche de la Base de Missilies. Ses membres sont déguisées en soldats grâce aux tenues trouvées dans le véhicule, ce qui leur permet de pénétrer dans la base. Dirigez-vous vers la gauche de l´écran et pénétrez dans le bâtiment avec une porte sombre. Sauvegardez votre partie et examinez les deux portes situées en haut à gauche de l´écran. Vous pouvez maintenant ouvrir la porte de gauche en appuyant sur la touche lorsque vous vous trouvez devant la console située entre les deux portes.
Vous atteignez une porte gardée : si vous décidez de passer devant ou en marchant, le soldat louera vos manières. Poursuivez votre chemin jusqu´au prochain Point de Sauvegarde. Parlez au garde près de la porte : il vous autorise alors à pénétrer dans le hangar à missiles. Allez parler à l´ingénieur isolé (tout en haut de l´écran), quittez le hangar et dirigez-vous vers le couloir à gauche de l´écran (entre le mur et l´escaliet d´où vous venez). Vous rencontrez deux gardes sur la plate-forme d´observation (à votre gauche). Parlez au premier garde. Il vous demande d´apporter un message à l´ingénieur que vous avez rencontré dans le hangar. Retournez le voir et parlez-lui : il vous annonce qu´il n´a pas le temps de procéder à l´inspection et que ses collègues n´ont qu´à s´en occuper eux-même. Rapportez ses termes aux deux gardes de la plate-forme : ils vous chargent alors de prendre les choses en main. Retournez au Point de Sauvegarde près du hangar et montez l´escalier situé dans l´angle inférieur gauche de l´écran. Retournez auprès du premier garde que vous avez rencontré dans le bâtiment : il quitte son poste lorsque vous vous adressez à lui et vous laisse ainsi pénétrer à l´intérieur. Approchez-vous de la console de gauche (sous le grand écran) et selectionnez Appuyez n´importe où. Appuyez maintenant plusieurs fois sur la touche . Vous avez provoqué un court-circuit qui a coupé l´alimentation du bâtiment : les lumières rouges de l´alerte illuminent maintenant le complexe tout entier. Des gardes s´approchent de vous lorsque vous ressortez. Vous avez le choix entre les affronter et tenter de les convaincre que vous n´y êtes pour rien.