Si j'ai bien compris ta question, tu te demandes si la mission du partenaire est contradictoire avec la mission en rouge ? Sans vouloir trop m'avancer (je suis à 20% du jeu), jamais le partenaire ne te fait faire le contraire.
Il veut t'aider soit en t'assistant soit en te demandant de profiter de la mission pour lui rendre un service supplémentaire. Dans les 2 cas c'est souvent plus difficile, tu prends plus de risques et tu infiltres des endroits bien gardés. Mais c'est plus cohérent, et on profite mieux du jeu à mon sens. Généralement je fais ce que demande le partenaire.