Ca dépend franchement de toi, si tu préfères World Youth (gamecube) ou la série de base (ps2).
L´épisode sur gamecube te contraint à entrainer un joueur inédit, ton avatar, et si tu ne l´entraines pas bien cela entraine un game over, c´est un obstacle de plus pour les non-japonisants. Et même si tu est japonisant, si tu ne joues pas avec une gamecube japonaise, les caractères sont incompréhensibles.
A part ça... Celui sur ps2 est un poil plus dynamique (appuyer en rythme sur les touches...), plus détaillé dans les modèles 3D (on voit leur visage alors que ceux sur gc sont "vides), mais le gameplay est toujours centré sur le capitaine.
Celui sur gamecube a plus de techniques (toutes les nouvelles de World Youth, surtout que celui sur Ps2 se concentre surtout sur les tirs) et a des jolis arts en 2D des persos comme portraits.
Pour te faire une idée tu peux regarder des vidéos de gameplay:
http://www.youtube.com/watch?v=0sxlPzN8g4M
Pour la gamecube.
http://www.youtube.com/watch?v=n84587Gn3UU
Pour ps2.