Pour la quête "Poppy a disparu", j'ai eu aussi de gros bugs : dès que je ramenais l'animal dans l'enclos, il disparaissait sans déclenchement de la cinématique de fin de quête, et donc sans finir la quête.
J'ai dû recommencer 4-5 fois la quête ... J'ai fini par aller voir sur youtube une vidéo d'une personne qui avait réussi la quête, et il était passé par une entrée bien spécifique de l'enclos, à l'arrière, pour ramener l'animal.
Je suis passée par cette entrée avec Poppy, et j'ai pu enfin finir ma quête.
la vidéo en question : http://youtu.be/UejJIwa3uCo
Ca peut valoir le coup d'essayer, tu ne risques rien...
Après, il y en a qui conseillent d'abandonner la quête puis de la reprendre au PNJ (ça n'a pas marché pour moi).
Bonne chance, n'hésite pas à dire si ça a marché (ou pas)