Zebraman
Tout d´abord je te tiens à te féliciter pour ton post. C´est devenu tellement rare quelqu´un qui respecte ces rèles de politesse de base que ceux sont les "Bonjour" et "Au revoir" ou encore "Merci"... Et puis pas de langage SMS, pas (trop) de faute. Une question claire, un problème décrit correctement et précisèment !! 
Enfin bref... Assez de pommade
Pour répondre à ta question, il n´y a pas véritablement de différence entre ces 2 chipsets graphiques... Ou plutot, il y en a, mais comme ces 2 constructeurs de cartes s´appuient sur les memes technologies, la diffèrence ne peut pas se mesurer ainsi...
C´est un peu pareil pour les processeurs... tout dépend de l´activité et de l´utilisation que tu comptes en faire...
Pour ce qui est des jeux, on favorise plus certainement les CG à base de NVidia, étant les plus commercialisées et les plus répandues. Donc moins de problème de compatibilité matérielle et logicielle eventuellement...
Par rapport à tes 2 cartes, elles se valent toutes les deux... La GeForce FX5800 est vraiment très limite pour ce jeu. Idem pour l´ATI que tu as choisi...
Si ton PC le permet (et ton budget biensur), optes plutot pour une carte un peu plus puissante encore.
Après il faut regarder de quel port tu disposes. AGP, PCI express (8x, 16x...) ?? ?
En allant sur n´importe quel site internet de vente de matos informatiques (du style rue de commerce, ou surcouf, ou rue-montgallet.com, ou encore hardware.com ...etc) tu pourras obtenir beaucoup plus d´infos précises sur ces 2 cartes. Penses à regarder surtout s´il s´agit de CG dédiée ou allouée... c´est très important, autant voir plus que la quantité de mémoire vive embarquée dans la CG... ainsi que sa fréquence.
En espérant t´avoir aider un peu
Bm´