1 - Le vaisseau est bleu => ça laisse penser à du Phazon
2 - Les seules personnes qui pourraient en vouloir à Samus à la fin de MP3 sont les créatures à base de Phazon
3 - Les créatures corrompues par le Phazon ne meurent pas à la fin de MP3 (cf Samus)
4 - On voit Samus partir de Elysia, planète fondée par les Chozo
Ma théorié => Le vaisseau qui poursuit Samus appartient à la race descendant des Chozos qui vivait sur Elysia, dont certains membres auraient été en partie corrompus par le Phazon, donc pas mort à l'explosion de Phaaze.
Ce qui explique également pourquoi quand Samus "fonce" avec son vaisseau de technologie Chozo, ça ressemble beaucoup au simili-hyperespace du vaisseau inconnu.
Sinon, un retour possible des Ings (on a la confirmation qu'ils ne sont pas tous mort, on voit des Ings-Phazon).
Ou tout simplement un vaisseau offert pas SS aux pirates.