J´y avais pensé aussi.
Déjà, quand dans Prime 3 Samus devenait corrompue et qu´elle se transformait, je me disais : "oh bordel pourquoi ils ne nous laissent pas la contrôler"
Refaire la planète Ether en étant Dark Samus, pour absorber de plus en plus de Phazon (et donc voir notre armure devenir transparente au fur et à mesure). 
Combattre les Pirates de l´Espace jusqu´à ce qu´à les contrôler totalement. 
Combattre les 3 chasseurs de Prime 3 et trouver les Aurora de chaque planète pour tous les corrompre.
Ce qui serait sympa aussi, c´est de montrer ce que serait devenu l´univers si Dark Samus avait battu Samus (sur Tallon IV, Ether ou Norion, peu importe).
Ca m´étonnerait qu´un jour on ait la chance de voir sortir un jeu pareil mais bon, c´est beau de rêver. 