Dans le premier épisode de la série Prime, on doit combattre les Pirates tout en découvrant le passé sur les Chozos et leur déclin à cause du Phazon, un mutagène, qui nous mènera à l´échec du plan des Pirates qui utilisent le Phazon comme nouvelle source de puissance et un duel contre LE Metroid Prime ainsi que, avant Prime, Meta Ridley.
Dans le deuxième, Metroid Prime revient après avoir pris possession du Phazon Suit de Samus (utilisée pour traverser l´Impact Crater), ainsi nommé Dark Samus par la Fédération Galactique et THE Dark Hunter par les Pirates. Samus doit partir en reconnaissance sur Aether, mais son vaisseau s´écrasera et sera forcé de trouver un moyen de repartir, tout en aidant un peuple lumineux qui risque l´éclipse totale. Pendant ce temps, Samus est poursuivi par Dark Samus (qu´on affronte que 3 fois).
Dans le troisième, Samus se prépare en guerre contre les Pirates avec la Fédération. Tous sont au courant de l´existence du Phazon et ne se gèneront pas de s´en servir. Un "virus" a été injecté dans le système Aurora Unit et vous devrez rétablir ces Aurora Units pour pouvoir comprendre la propagation du Phazon dans la galaxie et comment s´en débarasser : les Leviathans. Bien sûr, cette Corruption n´affecte pas que les Aurora Units, elle vous affecte vous aussi et vos 3 collègues, chasseurs de primes. Dark Samus s´allie aux Pirates pour VOUS corrompre. Ainsi donc, les Pirates utilisent le Phazon et on doit s´attendre à voir un Leviathan sur leur planète natale (ce n´est PAS Zebes). Il faudra donc comprendre qu´un certain Ridley sera le gardien du dernier Leviathan. Par la suite, on entre dans une autre dimension pour combattre les Pirates ET Dark Samus qui s´est réfugié sur une planète complètement pur Phazon, nommée Phaaze par la FG.
Assez complexe comme histoire, mais c´est ça.
