C´est au contraire tout à fait logique !
Une fois excommunié tu es donc considéré comme hérétique ! Et donc comme un danger pour la foi chrétienne. Alors les inquisiteurs vont chercher à t´éradiquer.
Le pape existe toujours parce que c´est le chef de la chrétienté. Ce sera juste un pape d´apparat sous ton contrôle (un pantin quoi !) .
Il fallait protéger tes hommes si tu ne voulais pas qu´il leur arrive quoique ce soit. Et ce n´est pas l´armée qu´ils ont sous leurs ordres qui vont les sauver ! Et ça aussi c´est logique, tout tes soldats sont théoriquement croyants, alors si leur leader est "douteux" sur le plan de la foi, ils vont le lâcher !