Erf Fat32 c´est assez mauvais aussi. 
La différence est que le système de fichiers NTFS gère un peu les fichiers et répertoires comme une base de données et est très sujet à la fragmentation de part sa structure même.
Les systèmes UNIX utilisent des file systems plus performants qui fragmentent très peu tels que ext3 ou encore le dernier ReiserFS4 qui roxe sa maman. ^^