SPOILER, lisez pour ceux qui veulent savoir :
Yahiko est le fondateur de l'Akatsuki et le chef à l'initial. Il était l'ami d'enfance de Nagato et de Konan et étaient tout trois des victimes de la 2e grande guerre ninja. Ils ont rencontré les sainnins légendaires à la fin de la guerre. Orochimaru propose de les tuer en justifiant qu'ils ne connaitraient que la haine et la peine dans leur vie, mais Jiraya les prend sous son aile et leur enseigne le ninjutsu puis finit par s'en aller une fois l'entrainement terminé. Mais pendant la troisième grande guerre ( ou un peu avant ), Yahiko qui rêve d'un monde de paix décide de fonder l'Akatsuki avec l'aide de ses amis. A la base c'était une organisation composée de ninjas, censés instaurer la paix, et qui partageaient les idéaux de Yahiko. Les premiers membres étaient Nagato et Konan puis ils sont par la suite rejoint par des ninja du village d'Ame ( village d'origine des trois amis ) qui considéraient Yahiko comme leur prophète, puis des mercenaires,... Avec ses exploits l'Akatsuki devient de plus en plus connue et crainte. Mais un jour ils se retrouve face à Hanzô qui prend Konan en otage et désire la mort du chef de l'organisation, soit Yahiko. Il propose alors un dilemme à Nagato : soit il laisse mourir Konan, soit il tue Yahiko mais sauve Konan. Yahiko qui est amoureux de Konan et refuse qu'un membre de l'organisation se sacrifie se jette sur le kunai de Nagato et meurt. Par la suite, Konan(qui était amoureuse de Yahiko, cf dans les derniers ép de l'anime, Konan Vs Madara) et Nagato récupère l'Akatsuki (Nagato en devient le chef) et continuent à lutter pour réaliser les rêves de Yahiko et instaurer la paix dans le monde. Cependant, ils ont développé une grande haine envers l'humanité qu'ils considèrent comme fautive de toutes les souffrances sur terre ( c'est ce qui explique pourquoi l'organisation est ainsi aujourd'hui et le mal qu'elle a fait, cf épisodes NarutoVSPain ). Puis l'organisation se remplie peu à peu, Madara est le 3e membre. Quand Nagato (en tant que Pain qui avait prit le corps de Yahiko pour en faire un de ses corps et pour garder leur ami auprès d'eux ) meurt, Madara(Tobi) récupère l'Akatsuki et en devient le nouveau chef. (Il tue aussi Konan qui partageait les idéaux de Naruto -semblables à ceux de Yahiko et Nagato- et qui voulait l'empêcher de récupérer le rinnegan de Nagato. Elle refusait aussi de lui laisser l'Akatsuki, car Madara ne partageait pas les véritables idéaux de l'organisation. )
