oui, Mac OS et Windows ne calculent pas la capacité de la même manière.
pour Windows, 1ko = 1024 octets, 1Mo = 1024ko, 1Go = 1024Mo, et ainsi de suite.
pour Mac OS, 1ko = 1000 octets, 1Mo = 1000ko, 1Go = 1000Mo, etc. c'est d'ailleurs aussi cette méthode qu'utilisent les fabricants de disques durs pour donner leurs capacités, d'où le fait que sur Mac OS on voie bien la capacité "réelle" du disque.
mais c'est juste esthétique. si tu formates ton disque dur de 1To sous Mac (et que donc il affiche bien 1To entier), si tu le débranches et que tu le rebranches sous Windows après, il t'affichera la capacité telle que Windows l'affiche habituellement (940Go environ il me semble).
bref, en gros: c'est juste esthétique, t'auras la même capacité sur les deux, n'y fais pas attention 