Ca sert à avoir une bibliothèque où tout est bien rangé/nommé automatiquement, pour éviter d'avoir des fichiers manquants si un jour tu fais le ménage par inadvertance ou autre.
Dans l'idéal il faut laisser cette fonction activée et ensuite supprimer les fichiers source une fois importés.
Si cela te dérange vraiment, il suffit de désactiver l'option pour copier automatiquement les fichiers importés.
Dans iTunes :
Préférences (cmd+virgule), Avancé, décocher Copier dans le dossier iTunes Media les fichiers ajoutés à la bibliothèque
Dans iPhoto :
Préférences (cmd+virgule), Avancé, décocher Copier les éléments dans la bibliothèque iPhoto