Yop,
le plus simple reste un petit pomme + MAJ + Q et de se relogger ensuite 
(penser à decocher la case de restauration des app & docs)
Sinon, oui, comme l'as dit rock-priiincess , un cilc droit sur l'icone du dock pour quitter, ou un pomme + Q , ou un Menu => quitter, reviens exactement au même et quitte proprement l'application. Le bouton rouge sur mac sert à fermer la fenêtre, et non quitter le programme. En revanche, ce qu'il faut préciser c'est que pour les applications qui ne peuvent avoir qu'une seule et unique fenetre, fermer cette fenetre aura pour effet de quitter aussi l'application, c'est le seul cas ou le bouton rouge quitte (comme les prefs systeme par exemple).
Après, ce que dit joueur_4 n'est pas une bonne solution, car c'est un forçage, ça quitte pas proprement l'application, ça interomp le processus, sauvagement, ce qui fait que si le programme est entrain de faire quelque chose à ce momment là, il ne va pas attendre d'avoir fini avant de s'interrompre (contrairement à la fonction quitter), et tu peux te retrouver avec des données corrompues/ des prefs foireuses / des sauvegardes inexistantes. Cette action est réservée aux applications qui sont bloquées, et dont les menu quitter ne sont donc pas accessibles / ou ne répondent pas
Pour quitter proprement toutes tes applications logiciels d'un coup, le plus simple reste donc de fermer ta session et de la relancer, comme dit dans la premiere phrase de ce post.
Après tu peux très facilement faire un petit script qui fera ça sans pour autant fermer la session 