Je n'ai ni lion ni ML, mais ça doit être comme pour les autres OS.
Je pense qu'il vaut mieux commencer par installer ML sur la clé USB avant de formater quoi que ce soit.
Ensuite, de booter sur la clé USB. Et, une fois dans les menus de formater ta partition avant d'y installer ML.
L'autre partition ne risquera rien.
fais quand même une sauvegarde de ton disque avant au cas où tu aurais oublié quelque chose. c'est souvent une fosi qu'on a tout effacé qu'on se rend compte qu'on a effacé quelque chose d'important.