Pas vraiment, tu peux exclure certains dossier lors de l'enregistrement T.M.
Mais l'astuce consiste à partager via Parallels les dossier utilisateur ce qui fais que ton dossier "Mes documents" sont identiques sous Mac OS et Windows et de part ce fait ils sont liés.
Je prend pour exemple mon cas :
Lorsque je suis au boulot j'enregistre mes fichiers dans un dossier placé dans "Mes documents" et lors de la configuration de T.M. j'exclu la partition Boot Camp.
J'aurai ainsi toutes les versions de mon document enregistré sous Windows grâce à mon script.
Mais bon, pour simplifier la chose et supprimé ce script, "Versions" dans OS Lion fera les mêmes choses il me semble.