Un nettoyage avec CleanMyMac peut pas faire de mal, hésite pas à en faire de temps en temps.
Pense à vider ton DD de temps en temps, ça peut être utile pour booter plus vite. Après pour le Java, t'as du bouger un truc dans les paramètres parce que y a pas de raison pour que Minecraft refuse de se lancer.
Pour les mises à jour, essais de lancer "Mise à jour de logiciels" à partir des "Préférences systèmes" pour voir si ça marche mieux 