Handbrake encode la vidéo dans un autre format, bien plus performant que le MPEG2 utilisé dans les DVD. Il ne conserve pas les menus, si tu veux les bonus il faut les encoder également et, par exemple, les rassembler dans un dossier.
Pour ce qui est des langues et sous-titres, tu choisis ce que tu veux mettre dans la vidéo finale. Tu peux, soit garder les pistes audio telles quelle (passthru, ce que je fais) soit les encoder en AAC pour gagner de la place.
Après, tout dépend de ce que tu veux faire. En ce qui me concerne j'encode pour mettre sur mon media center relié à la télé. Comme ça, grâce à XBMC j'ai tout sous la main, c'est surtout pratique pour les séries télé, et mes DVD sont conservés précieusement.
Avec le high profile, même si le h264 est "lossy", la différence entre le DVD de départ et le fichier final est invisible.
Pour ce qui est des Blu-Ray, soit je garde le MKV de 30-35 Go soit je réencode avec HB pour obtenir des fichiers d'environ 10-15Go (mais on perd les pistes audio HD)
Si tu veux faire des copies de sauvegarde fidèles il faut utiliser autre chose, je te conseille de jeter un oeil ici :
http://forum.handbrake.fr/viewtopic.php?f=5&t=12726&hilit=blu+ray
MakeMKV peut être une solution si tu ne souhaites pas conserver les menus.