Pour les signets, tu as probablement synchronisé ton compte avec une machine qui n'avait aucun signet, ça m'est arrivé en synchronisant un MacBook sur un compte qui gérait déjà des signets d'un iMac.
Les signets sont stockés dans /Utilisateurs/Bibliothèque/Safari. C'est le fichier Bookmarks.plist
Avec Time Machine, tu devrais pouvoir le retrouver facilement.
Pour les contacts et calendriers iPhone, c'est normal depuis le firmware 3.0.
Avant, dans iTunes, tu précisais dans l'onglet "Infos" ce que tu synchronisais avec l'iPhone.
Avec MobileMe maintenant, la synchronisation est automatique.
Donc, dans iTunes, tu décoches la synchro des contacts, des calendriers et tout se fera via MobileMe (et non plus MobileMe + iTunes).
Pour Time Machine, tu as peut-être une grosse sauvegarde en cours.