si j'ai bien compris tes applications ne se lancent pas dans l' "espace" de Spaces que tu as prédéfini pour elles, c'est ça ?
tu as regardé dans les préférences systèmes dans la partie concernant Spaces si les réglages n'ont pas été modifiés ?
Concernant l'icone de time machine, si tu l'enleves à la main (clic droit "supprimer du dock"), elle ne devrait plus revenir. Si elle revient, c'est que time machine se lance à l'ouverture (donc il faut la retirer de la liste dans les preferences systemes/comptes/ouverture)
comme tu parles de sessions, tu dois savoir que chaque session a ses propres preferences, docks, etc... donc si tu n'es pas sur la tienne, c'est normal que les choses ne soient pas identiques.