Pour tout ce qui est prog web, c'est kif kif entre les 2 plates-formes.
Par contre pour le C/C++, sous MacOS et sous Linux c'est bien plus pratique, leurs consoles et leurs systèmes de librairies les rend bien plus adaptés, de même que ces 2 OS disposent de consoles très puissantes.
Pour les gros projets ensuite là ça s'équilibre un peu mieux grâce aux IDE que l'on trouve sur les 3 OS (et là, le monde Windows dispose même du puissant Visual Studio).
En fait tout dépend de la politique de ton futur établissement. SI il est majoritairement sous Win et compganie, il se peut qu'ils vous forcent à installer des logiciels qui n'existent que sous Windows.
Mais par exemple dans ma fac, de la Licence au Master Informatique, on est majoritairement sous Linux (postes dans les salles infos), les profs sont quasi tous des Unixiens convaincus, sur la vingtaine de matières que j'ai suivi lors de mon cursus, seules 2 se faisaient sous Windows
(programmation .NET en C# et Modélisation UML).
Bref ça dépend 