Je n'ai jamais réussi à faire fonctionner D-Vision, mais en théorie l'incrustation de sous titre est possible.
iMovie n'est pas vraiment prévu pour ça par contre.
Pour en revenir à FFmpegX je me demande si le logiciel est capable d'incruster des sous-titre à un fichier non AVI.
Si je peux conseiller une marche à suivre elle serait la suivante :
en partant d'un fichier AVI, incruster les sous-titre sans changer le format. Une fois ceci fait convertir le fichier en H.264 pour ipod.