Oui il faut les supprimer.
Non on ne copie pas un programme 
Si ce sont des freeware on les retélécharge ça permet de garder tout à jour (d´avoir la dernière version)
Pour les gros softs on les réinstalle
Copier l´aplication peu fonctionner la plus part du temps pour des petits softs qui recréront tout seuls leur repertoires dans app support et leur preferences, mais c n´est pas conseillé.
Le formatage est une bonne occasion de repartir de 0 , de ne réinstaller uniquement les soft dont on se sert, une clean install on appelle ça
Pour ce qui st récuperer les .dmg , et bien oui avec time machine tu pourra les récuperer même si tu les a mit à la corbeille :p