Tu dis que tu as perdu les icones mais est-ce que tu peux quand même ouvrir tes documents et tes photos ?
Est-ce que c´est seulement les fichiers ou aussi les icones des applications ?
Si tu peux les ouvrir, essaye de faire "Lire les informations" en selectionnant une photo puis choisi "Ouvrir avec", et là tu selectionnes Aperçu par défaut. Peut-être que l´icone reviendra.
Pour ton dossier Systemicons.bundle, je sais pas.