Quicktime se charge parfaitement de faire les encodages.
Sinon pour le rip de DVD utilise Handbrake.
Le soft le plus complet est FFmpegX mais je ne l´aime pas beaucoup, trop compliqué.
iTunes accepte tous les fichiers MPEG (1, 2, 3, 4), il accepte les Windows Media si tu installes Flip4Mac, accepte évidemment toutes les vidéos Quicktime.
FrontRow pareil, c´est basé sur Quicktime.