Lorsque tu vois une application (comme Firefox), c´est en réalité un dossier spécial (on appelle ce type de dossier qui apparaît comme un fichier un "bundle" ou un "paquet").
Donc c´est tout aussi bordélique que sous Windows, y´a pas de raisons... mais à l´intérieur ;)
Et effectivement ça a pour avantage d´être complètement masqué, donc pas de foutoir. De nombreuses choses sont comme ça sur Mac, pas interdites aux curieux, juste cachées pour les gens-qui-ne-veulent-pas-savoir.