on dirait que tu t´es pas beaucoup renseigné...
http://www.apple.com/fr/ipod/specs.html
"Norme vidéo H.264 : jusqu´à 768 Kbps, 320 x 240, 30 images par seconde, profil de référence jusqu´au niveau 1.3 avec AAC-LC jusqu´à 160 Kbps, 48 Khz, son stéréo aux formats de fichier .m4v, .mp4 et .mov
Vidéo MPEG-4 : jusqu´à 2,5 Mbps, 480 x 480, 30 images par seconde, profil simple avec AAC-LC jusqu´à 160 Kbps, 48 Khz, son stéréo aux formats de fichier .m4v, .mp4 et .mov"
donc je pense que tu dois pouvoir régler FFmpegX pour qu´il respect ces données