Ca prendra pas forcément deux heures non, ça dépend surtout de ta connexion, je pense que c'est sûrement une estimation, si je me souviens bien comment fonctionnent les MAJ chez Apple (ça fait un bail que j'ai pas dû mettre le mien à jour).
Pour la barre de menu, c'est le dock? Si oui, il est possible à réorganiser, oui. Pour supprimer une appli du dock, il suffit de la faire glisser hors du dock, et pour en ajouter une, tu la lances à partir du dossier Applications, puis tu cliques droit dessus (enfin, clic secondaire avec deux doigts sur le pas, vu que tu as un Macbook si j'ai bien lu) et tu cliques sur "Garder dans le dock".