Non y a pleins de différences, même sur les 25 premiers.
Dans le 1er animes y avait pleins de HS comme le truc avec la voleuse, etc... Ils faisaient même des parties d'épisodes avec les minis-bonus de 2-3 cases qu'Hiromu dessine en fin de tome. (Même si on devrait les retrouver ici aussi).
Le 1er anime simplifie un max le scénario, et passe sous silence toute la partie sur Father. (Qui sera remplacé au pied levé par Dante dans l'anime, même si ça ne correspond à rien et que ça fait un big WTF).
Et l'anime n'a pas le même nom. C'est devenu Fullmetal Alchemist Brotherhood. 
Mais bon, même si les 25 premiers épisodes du 1er anime suivaient à peu près la trame du manga, il reste quand même pas mal de différences.
Et même le 2nd anime ne suit pas totalement le manga. Dans le manga, on commence directement à Lior. Et c'est que dans les tomes 5 et 6 qu'on appprent vraiment ce qu'il est arrivé à Ed et Al.
Là y a aucun suspense, tu le sais dès le début. Naze.